No sé a qué te refieres con binarios, pero en cualquier caso si está afectada la partición system, que es la que suelen infectar los virus o malware más complejos, reflashear el sistema (que es lo mismo que resetear esa partición) debería solucionarlo.

Como ya dije en el artículo, no es suficiente con restablecer las configuraciones de fábrica. La actualización debería «actualizar» la partición system, pero hay que probar con la reinstalación de Android.